Al interior, se aprecia la gran altura de su nave única, recrecida en las obras del XVII. Se cubre con bóveda de crucería con bonitas nervaduras. Dos grandes capillas laterales se abren tras el presbiterio. (Imagen 1). El ábside del templo está oculto tras un gran retablo barroco sobredorado con escenas de la Crucifixión, San Esteban, San Miguel luchando con el dragón... a ambos lados del mismo, se conserva la estructura del presbiterio del templo románico (Imágenes 1 a 3), perfilado con una imposta de ajedrezado jaqués, que continua en el cilindro absidal tras el retablo.
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Una pequeña abertura practicable en el lado derecho del retablo barroco, permite el acceso al espacio que tras el mismo queda. Provisto de buena iluminación, permite contemplar la cara interna del cilindro absidial primitivo, centrado por el ventanal cegado al exterior y rematado por imposta de ajedrezado sobre la que se elevaría la desaparecida bóveda (Imagen 4). Bajo el ventanal descrito, se conserva la cruz de consagración del templo, en policromía roja perfilada de negro (Imagen 5).
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La imagen 6, muestra la nave del templo, hacia los pies del mismo; lugar en el que se ubica la pila bautismal; adosada al muro norte (Imágenes 7 y 8)
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En el murete que limita el jardín existente frente al lado sur del templo, hay empotradas no menos de cuatro estelas funerarias, algunas completas como la de la imagen 9, y algunas fragmentadas, que aparecieron procedentes de los enterramientos entorno al templo.
La imagen 10, muestra la epigrafía de la jamba de poniente de la portada, con data de 24 de Mayo de 1661.
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El conjunto del templo transmite la sensación de estar muy bien cuidado y atendido; en contraposición con los que en ruinas podemos ver en los no lejanos pueblos fantasma del entorno de Yesa.